前两天发了《性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试》，简单提了一下硬件采购方面的建议，但没有写具体的配置。
今天发现近期有朋友在我去年发的《2021双十一MD工作站配置推荐》底下提到希望推荐一下今年的配置，于是看了一下行情，发现大量配件缺货（似乎老黄清完3070、3080Ti、3090的库存了…？），连CPU都有缺货情况，所以一开始是决定不推荐今年的版本，不过后来想到之前公社群聊里有一些朋友也在说买不起4090、想装一套便宜点的MD机器，所以我又仔细看了一圈，发现确实能凑出一套勉强值得推荐的万元中端配置，遂把这套配置和RTX 4090的“空气”配置一同发出来。配置是针对GMX写的，毕竟AMBER用户也可能会用到GMX，这俩软件在功能上可以互补。
目前RTX 3080全新的货源似乎还算充足，所以推荐了RTX 3080。用AMD Ryzen R7 5700X可能不能较完整地发挥出RTX 3080的性能，但其胜在主板+CPU很便宜。而且5800X没货，5900X这种双CCD的CPU用于GPU加速GMX比较吃亏，intel 12490F性能又过低了。
虽然社长一再说跑MD的机器理论上不需要SSD，但个人认为装个SSD用于放操作系统和软件还是有必要的。对于4090这种顶级机器，整机都2万多了，确实不差几百元的SSD钱，而且加一块容量稍大、读写性能强的SSD也可以用于一些临时性数据的存放。比如有时需要自己写脚本对很长一段轨迹的某一数据以块平均方式计算误差，要并行处理轨迹，此时先把轨迹载入SSD或直接在跑MD时把轨迹写在SSD上就有明显优势。
大容量机械硬盘很重要，MD轨迹很占空间，一般短期内也没法删掉这些轨迹，等文章发出来或项目结题才敢删掉一部分已经没用的轨迹。
先马朱雀AIR不带风扇，配置单里的3把风扇建议装到后面和顶上。
10039元的这套配置，基本上是把能省的钱都省了，如果这几天有货且价格没啥变动，可以直接抄。
尽量早买，目前行情瞬息万变……
本文同步发表于计算化学公社
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