基于自己开发的服务器搭建的这套GPU集群已经在自己课题组里上线运行了一段时间（硬件如p4~9所示），跨节点并行计算性能完全符合预期，同时很稳定，至今从未出现过“掉卡”问题，比一些基于“大厂准系统”的8卡4090机器稳定多了。 目前只上了3个计算节点，24块V100 SXM2 16GB，还不是“完全体”，主要原因是机房capacity不足（白嫖机房还要啥自行车），等几个月后学校的新机房建成，也许有机会进一步扩展。 “完全体”有3种规模，架构分别如p1~3所示。其中p2的144- […]
上个月笔者给自己实验室部署了一台NAS并实施了配套的组网，给实验室15个工位通了光缆，用于团队协同工作。一些实施细节记录于此。 1 简介 本次依旧是完全DIY，采用了大量二手硬件，当然，硬盘还是使用全新的。配置如下： 此配置和去年9月的“miniHPC存储节点”有诸多相似之处，主要的修改有以下几点： 本次所搭建的NAS的应用场景对RDMA没有刚性需求，因此操作系统改用维护更简单的TrueNAS Scale 24.04。 改用1+1 CRPS冗余电源，一路接市电，一路接UPS。 […]
笔者在2021和2022年双十一都发了MD工作站配置推荐，今年也例行发布一篇。 由于众所周知的原因，近期不推荐购买RTX4090，建议等过一段时间炒作潮过去了再买。若急用，也可将4090换为4080，其余配置不变。 根据8月份发布的基准测试，配置2的7900XTX跑AMBER和OpenMM性能高于4080。 目前双十一第一波还没有开始，因此大部分硬件的价格仅供参考，还有下降空间，建议自行蹲优惠（尤其是JD自营）。 此前笔者曾多次在一些跟帖/评论区中提及，TITAN V用于跑L […]
0 写在前面 9月初笔者给朋友课题组设计了一套小集群，为了省钱，存储（NAS）部分是自行采购散件DIY的，组网也使用了二手硬件。NAS和交换机从下单散件到组装、调试完毕花了10天，原计划等到集群部署完成后综合起来写一篇帖子分享出来，但期间出现了一些问题，计算节点迟迟没有到货，故先把NAS部分单独发出来。 1 简介 采购这些散件已过去一个多月，行情有很大变化，因此价格仅供参考。 如果追求极致省钱，网卡也可以选用同为CX3 Pro芯片的拆机HP544+FLR。 18TB HDD没 […]
0 前言 上个月收到一位网友的哔哩哔哩私信，希望笔者帮他折腾一下用AMD GPU跑LAMMPS，笔者本不太愿意接这种“吃力不讨好”的活，拖了一天多，最终良心过不去，还是接了。 该网友的PC配置是AMD Ryzen 5900X + Radeon 6800XT，他事先在闲鱼平台上花钱找人安装了Ubuntu Desktop 22.04.3 LTS操作系统。据了解，第一个“闲鱼师傅”安装不成功，把锅甩给了“主板不兼容”，又找了一个师傅，才安装成功。 此外，该网友还有一台Ryzen 7 […]
Sep-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 0 写在前面 应科技博主@极客湾Geekerwan 邀请，我给最新的AMD EPYC CPU做了一些基准测试。原本打算将相关分析做进视频里，但由于进度赶不上，视频中只放了“7950X指数”，分析部分写成了单独的图文发出来，写得比较通俗，因为考虑到会有很多吃瓜群众来看。 视频链接：256核512线程！史上最强CPU到底能做什么？ 硬件：7950X和双路EPY […]
瞎折腾硬件
Compatibility notes and troubleshooting guides for mainstream molecular dynamics simulation Apps on AMD’s consumer GPUs - Switch to AMD [Part Ⅱ]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0 Introduction Please be aware that the information provided in this blog post is not comprehensive and should be considered as […]
基准测试
Performance benchmarks for mainstream molecular dynamics simulation Apps on consumer GPUs from AMD, NVIDIA and Intel - Switch to AMD [Part Ⅰ]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 点此阅读中文版 It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0 Introduction In the past two years, numerous world-leading supercomputers have embraced AMD GPUs as heterogeneous acc […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 打击黄狗，人人有责 0 前言 本文的信息并不全面，仅仅是作者近期在AMD GPU上测试经典MD性能的附属产物。你或许可以使用较老版本的ROCm和特定的GPU轻松地编译并运行文中提到的应用程序，也有可能在不久后的软件更新中，文中提到的一些兼容性问题就会被解决。本文内容在相应程序的官方文档/手册/Readme/Wiki中均未提及，且几乎无法在互联网上搜索到现 […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 打击黄狗，人人有责 0 前言 近两年，全球有大量顶级超级计算机采用了AMD GPU作为异构加速器，因此大量HPC应用程序开始了移植到ROCm软件栈的进程，并且其中很大一部分已经具有很高的完成度和很好的性能，可以用于正式的科学研究。此外，也有一部分程序原生支持了intel GPU。鉴于此，笔者集齐了所有NVIDIA Ada Lovelace架构桌面GPU、 […]
