Sep-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 0 写在前面 应科技博主@极客湾Geekerwan 邀请，我给最新的AMD EPYC CPU做了一些基准测试。原本打算将相关分析做进视频里，但由于进度赶不上，视频中只放了“7950X指数”，分析部分写成了单独的图文发出来，写得比较通俗，因为考虑到会有很多吃瓜群众来看。 视频链接：256核512线程！史上最强CPU到底能做什么？ 硬件：7950X和双路EPY […]

Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 点此阅读中文版 It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0  Introduction In the past two years, numerous world-leading supercomputers have embraced AMD GPUs as heterogeneous acc […]

[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | 赞助 51972, 庚子计算 | yult-entropy@qq.com | 2022-10] 0 写在前面 这次测试最初的目的是证明用何种性能级别的CPU可在运行GPU加速GROMACS（简称GMX）时榨干最新顶级消费级GPU——NVIDIA GeForce RTX 4090，但某日笔者建议一些bilibili UP主测试该GPU运行“生产力”软件的发言被不学无术/不懂装懂者群起而攻之，遂决定亲自上阵，在最初的测试计划中引入一 […]

基于自己开发的服务器搭建的这套GPU集群已经在自己课题组里上线运行了一段时间（硬件如p4~9所示），跨节点并行计算性能完全符合预期，同时很稳定，至今从未出现过“掉卡”问题，比一些基于“大厂准系统”的8卡4090机器稳定多了。 目前只上了3个计算节点，24块V100 SXM2 16GB，还不是“完全体”，主要原因是机房capacity不足（白嫖机房还要啥自行车），等几个月后学校的新机房建成，也许有机会进一步扩展。 “完全体”有3种规模，架构分别如p1~3所示。其中p2的144- […]

上个月笔者给自己实验室部署了一台NAS并实施了配套的组网，给实验室15个工位通了光缆，用于团队协同工作。一些实施细节记录于此。 1 简介 本次依旧是完全DIY，采用了大量二手硬件，当然，硬盘还是使用全新的。配置如下： 此配置和去年9月的“miniHPC存储节点”有诸多相似之处，主要的修改有以下几点： 本次所搭建的NAS的应用场景对RDMA没有刚性需求，因此操作系统改用维护更简单的TrueNAS Scale 24.04。 改用1+1 CRPS冗余电源，一路接市电，一路接UPS。 […]

Computex 2024上intel公布了Xeon 6的一系列SKU，分LGA-4710和LGA-7529两种Socket，对应6700系列和6900系列，命名有很大变化，不过命名在技术上并不重要，重要的是Xeon 6900P分支（Granite Rapids-AP, GNR-AP）的Top SKU有希望追上AMD EPYC Turin Classic。 Xeon GNR-AP的内核微架构是Redwood Cove，与Meteor Lake P-core的Redwood C […]

​作为科学计算研究人员，站在HPC/科学计算的角度评论一下昨天发布的Blackwell GPU。 1. 完全没提到Vector算力，包括FP32 Vector和FP64 Vector。而这两者是HPC最主要使用的算力，由所谓的CUDA Core提供。FP64 Tensor算力相较于上代H100也倒退了，64TFLOPS>40TFLOPS，另外，作为对比，AMD Instinct MI300X的FP64 Matrix是163TFLOPS。NVIDIA放弃HPC是意料之中的 […]

笔者在2021和2022年双十一都发了MD工作站配置推荐，今年也例行发布一篇。 由于众所周知的原因，近期不推荐购买RTX4090，建议等过一段时间炒作潮过去了再买。若急用，也可将4090换为4080，其余配置不变。 根据8月份发布的基准测试，配置2的7900XTX跑AMBER和OpenMM性能高于4080。 目前双十一第一波还没有开始，因此大部分硬件的价格仅供参考，还有下降空间，建议自行蹲优惠（尤其是JD自营）。 此前笔者曾多次在一些跟帖/评论区中提及，TITAN V用于跑L […]

0 写在前面 9月初笔者给朋友课题组设计了一套小集群，为了省钱，存储（NAS）部分是自行采购散件DIY的，组网也使用了二手硬件。NAS和交换机从下单散件到组装、调试完毕花了10天，原计划等到集群部署完成后综合起来写一篇帖子分享出来，但期间出现了一些问题，计算节点迟迟没有到货，故先把NAS部分单独发出来。 1 简介 采购这些散件已过去一个多月，行情有很大变化，因此价格仅供参考。 如果追求极致省钱，网卡也可以选用同为CX3 Pro芯片的拆机HP544+FLR。 18TB HDD没 […]

经历7个月研究+19个月打磨，人生第一篇几乎100%自主完成的学术论文终于online了（之前高中时写着玩的那篇核心不算）：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.3c01432 打磨这么久主要是因为本科阶段与科研无关的事情太多+后期“移情别恋”了。 接下来简单讲讲和这篇研究工作相关的经历吧（⚠流水账预警⚠）。 参加GMX培训班之前，我对MD了解并不多，只会用packmol搓模型+用GMX跑一些最简单的MD。2021年初，牙 […]

0 前言 上个月收到一位网友的哔哩哔哩私信，希望笔者帮他折腾一下用AMD GPU跑LAMMPS，笔者本不太愿意接这种“吃力不讨好”的活，拖了一天多，最终良心过不去，还是接了。 该网友的PC配置是AMD Ryzen 5900X + Radeon 6800XT，他事先在闲鱼平台上花钱找人安装了Ubuntu Desktop 22.04.3 LTS操作系统。据了解，第一个“闲鱼师傅”安装不成功，把锅甩给了“主板不兼容”，又找了一个师傅，才安装成功。 此外，该网友还有一台Ryzen 7 […]

Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0  Introduction Please be aware that the information provided in this blog post is not comprehensive and should be considered as […]