基于自己开发的服务器搭建的这套GPU集群已经在自己课题组里上线运行了一段时间（硬件如p4~9所示），跨节点并行计算性能完全符合预期，同时很稳定，至今从未出现过“掉卡”问题，比一些基于“大厂准系统”的8卡4090机器稳定多了。 目前只上了3个计算节点，24块V100 SXM2 16GB，还不是“完全体”，主要原因是机房capacity不足（白嫖机房还要啥自行车），等几个月后学校的新机房建成，也许有机会进一步扩展。 “完全体”有3种规模，架构分别如p1~3所示。其中p2的144- […]
——关于“跑经典MD的计算机到底选什么配置”的终极讨论 [本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 为防止太早过时，本文不会给出具体的配置单，然而本文所写的方案框架也只是基于近期硬件行情得出的，半年到一年后本文所写的方案依然可能过时，故此类内容会不定期更新，欢迎持续关注。 1 GMX GMX机子的配置方案是最复杂、最值得仔细考虑的，GMX中的GPU加速在去年10月的文章中已经有所介绍，且GMX […]
