经历7个月研究+19个月打磨，人生第一篇几乎100%自主完成的学术论文终于online了（之前高中时写着玩的那篇核心不算）：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.3c01432 打磨这么久主要是因为本科阶段与科研无关的事情太多+后期“移情别恋”了。 接下来简单讲讲和这篇研究工作相关的经历吧（⚠流水账预警⚠）。 参加GMX培训班之前，我对MD了解并不多，只会用packmol搓模型+用GMX跑一些最简单的MD。2021年初，牙 […]
0 前言 上个月收到一位网友的哔哩哔哩私信，希望笔者帮他折腾一下用AMD GPU跑LAMMPS，笔者本不太愿意接这种“吃力不讨好”的活，拖了一天多，最终良心过不去，还是接了。 该网友的PC配置是AMD Ryzen 5900X + Radeon 6800XT，他事先在闲鱼平台上花钱找人安装了Ubuntu Desktop 22.04.3 LTS操作系统。据了解，第一个“闲鱼师傅”安装不成功，把锅甩给了“主板不兼容”，又找了一个师傅，才安装成功。 此外，该网友还有一台Ryzen 7 […]
本月初，应某超算平台邀请，为其GPU节点运行GMX的性能做了一点Benchmark，在这里跟uu萌分享捏（其实是邀请的是我老师，她把这活转给我干乐） 对于GMX用户嘛，总结起来就一句话：别去用没有NVLink且CPU很弱的GPU集群（什么废话x 附上测试的原始数据： 本文同步发表于计算化学公社论坛
几个月前，组里来了两台DELL Precision 7920 Tower工作站，用于运行MD模拟。老师费了好大劲也没把环境配置好，遂于某天让我帮忙。1年多前（2020年1月），我曾尝试在Ubuntu 18.04 LTS上编译GROMACS、AMBER等MD程序，没有完全成功。那时对Linux几乎一窍不通，不过，经过1年多在计算机/IT领域各种方向上的折腾，感觉自己的水平已经可以对付上述工作。在拥挤的小屋子里折腾近10小时，又经过半个多月的试用，大约的确是成功了罢，遂应老师要求 […]
