刚刚给组里申请到Amber 20学术License，就顺便把4月份的坑给填上罢😨
开始前先将AmberTools21.tar.bz2和Amber20.tar.bz2解压至工作站/服务器目录/opt
0 安装依赖
sudo apt update && apt -y install tcsh make gcc gfortran flex bison patch bc xorg-dev libbz2-dev wget python-is-python3 python3-pip python3-tk
sudo pip3 config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
sudo pip3 install numpy matplotlib scipy ipython notebook cython pytest setuptools
1 串行版本
sudo -i
cd /opt
export AMBERHOME=/opt/amber20_src
cd $AMBERHOME/build
vim run_cmake
找到适用Linux的配置段，将-DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE改为-DDOWNLOAD_MINICONDA=FALSE，保存；若使用intel编译器，则还需将-DCOMPILER=GNU改为-DCOMPILER=INTEL，保存
./run_cmake
make -j install # 对于CPU核心较多的计算机，若内存过小，可能会因内存不够而导致操作系统卡死，可去掉-j以使用单线程编译，若认为单线程编译过慢，可尝试使用-j8、-j16等以指定较少线程
source /opt/amber20/amber.sh
cd $AMBERHOME && make test.serial # 等待数十分钟至test完毕，检查输出的failures和errors
2 OpenMP并行版本
cd /opt/amber20_src/build && vim run_cmake
找到适用Linux的配置段，在-DMPI=FALSE前添加-DOPENMP=TRUE，保存
./run_cmake
make -j install
cd $AMBERHOME && make test.openmp
3 MPI并行版本
cd /opt/amber20_src/AmberTools/src
wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.0.tar.gz
tar -zxvf openmpi-4.1.0.tar.gz
./configure_openmpi gnu # 若使用intel编译器，则将此处gnu改为intel，并确保串行版本也由intel编译器编译安装
cd /opt/amber20_src/build && vim run_cmake
找到适用Linux的配置段，删去-DOPENMP=TRUE，将-DMPI=FALSE改为-DMPI=TRUE，保存
./run_cmake
make -j install
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4 --allow-run-as-root"
cd $AMBERHOME && make test.parallel
4 支持CUDA加速的版本（编译前应确保已将合适的CUDA Toolkit载入当前环境，参见GMX安装）
cd /opt/amber20_src/build && vim run_cmake
找到适用Linux的配置段，将-DMPI=TRUE改为-DMPI=FALSE，将-DCUDA=FALSE改为-DCUDA=TRUE，保存
./run_cmake
make -j install
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 # 选择要测试的GPU id
cd $AMBERHOME && make test.cuda.serial
cd /opt/amber20_src/build && vim run_cmake
找到适用Linux的配置段，将-DMPI=FALSE改为-DMPI=TRUE，保存
./run_cmake
make -j install
export DO_PARALLEL="mpirun -np 2 --allow-run-as-root" # MPI线程数=GPU数
cd $AMBERHOME && make test.cuda.parallel
注意：当机器有大于2块GPU，且通过NVLink连接时，应当启用NCCL。先去NVIDIA网站下载NCCL，根据文档安装好NCCL环境。在编辑run_cmake的环节添加-DNCCL=TRUE即可。
5 完成安装
chmod -R 755 /opt/amber20
exit # 退出root用户
vim ~/.bashrc，在末尾添加以下内容并保存：
source /opt/amber20/amber.sh
这样就大功告成了捏😋玩熟练了，编译阴间Amber也没那么复杂
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