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在Ubuntu 20.04 LTS上安装Amber20

2021-12-03 1132点热度 22人点赞 0条评论

刚刚给组里申请到Amber 20学术License,就顺便把4月份的坑给填上罢😨

开始前先将AmberTools21.tar.bz2和Amber20.tar.bz2解压至工作站/服务器目录/opt

0  安装依赖

sudo apt update && apt -y install tcsh make gcc gfortran flex bison patch bc xorg-dev libbz2-dev wget python-is-python3 python3-pip python3-tk

sudo pip3 config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

sudo pip3 install numpy matplotlib scipy ipython notebook cython pytest setuptools

1  串行版本

sudo -i

cd /opt

export AMBERHOME=/opt/amber20_src

cd $AMBERHOME/build

vim run_cmake

找到适用Linux的配置段,将-DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE改为-DDOWNLOAD_MINICONDA=FALSE,保存;若使用intel编译器,则还需将-DCOMPILER=GNU改为-DCOMPILER=INTEL,保存

./run_cmake

make -j install  # 对于CPU核心较多的计算机,若内存过小,可能会因内存不够而导致操作系统卡死,可去掉-j以使用单线程编译,若认为单线程编译过慢,可尝试使用-j8、-j16等以指定较少线程

source /opt/amber20/amber.sh

cd $AMBERHOME && make test.serial  # 等待数十分钟至test完毕,检查输出的failures和errors

2  OpenMP并行版本

cd /opt/amber20_src/build && vim run_cmake

找到适用Linux的配置段,在-DMPI=FALSE前添加-DOPENMP=TRUE,保存

./run_cmake

make -j install

cd $AMBERHOME && make test.openmp

3  MPI并行版本

cd /opt/amber20_src/AmberTools/src

wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.0.tar.gz

tar -zxvf openmpi-4.1.0.tar.gz

./configure_openmpi gnu  # 若使用intel编译器,则将此处gnu改为intel,并确保串行版本也由intel编译器编译安装

cd /opt/amber20_src/build && vim run_cmake

找到适用Linux的配置段,删去-DOPENMP=TRUE,将-DMPI=FALSE改为-DMPI=TRUE,保存

./run_cmake

make -j install

export DO_PARALLEL="mpirun -np 4 --allow-run-as-root"

cd $AMBERHOME && make test.parallel

4  支持CUDA加速的版本(编译前应确保已将合适的CUDA Toolkit载入当前环境,参见GMX安装)

cd /opt/amber20_src/build && vim run_cmake

找到适用Linux的配置段,将-DMPI=TRUE改为-DMPI=FALSE,将-DCUDA=FALSE改为-DCUDA=TRUE,保存

./run_cmake

make -j install

export CUDA_VISIBLE_DEVICES=0  # 选择要测试的GPU id

cd $AMBERHOME && make test.cuda.serial

cd /opt/amber20_src/build && vim run_cmake

找到适用Linux的配置段,将-DMPI=FALSE改为-DMPI=TRUE,保存

./run_cmake

make -j install

export DO_PARALLEL="mpirun -np 2 --allow-run-as-root"  # MPI线程数=GPU数

cd $AMBERHOME && make test.cuda.parallel

注意:当机器有大于2块GPU,且通过NVLink连接时,应当启用NCCL。先去NVIDIA网站下载NCCL,根据文档安装好NCCL环境。在编辑run_cmake的环节添加-DNCCL=TRUE即可。

5  完成安装

chmod -R 755 /opt/amber20

exit  # 退出root用户

vim ~/.bashrc,在末尾添加以下内容并保存:
source /opt/amber20/amber.sh

 

这样就大功告成了捏😋玩熟练了,编译阴间Amber也没那么复杂

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标签: AMBER 环境配置 程序安装 程序编译
最后更新:2021-12-03

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