Sep-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 0 写在前面 应科技博主@极客湾Geekerwan 邀请,我给最新的AMD EPYC CPU做了一些基准测试。原本打算将相关分析做进视频里,但由于进度赶不上,视频中只放了“7950X指数”,分析部分写成了单独的图文发出来,写得比较通俗,因为考虑到会有很多吃瓜群众来看。 视频链接:256核512线程!史上最强CPU到底能做什么? 硬件:7950X和双路EPY […]
Sep-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 0 写在前面 应科技博主@极客湾Geekerwan 邀请,我给最新的AMD EPYC CPU做了一些基准测试。原本打算将相关分析做进视频里,但由于进度赶不上,视频中只放了“7950X指数”,分析部分写成了单独的图文发出来,写得比较通俗,因为考虑到会有很多吃瓜群众来看。 视频链接:256核512线程!史上最强CPU到底能做什么? 硬件:7950X和双路EPY […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | 赞助 51972, 庚子计算 | yult-entropy@qq.com | 2022-10] 0 写在前面 这次测试最初的目的是证明用何种性能级别的CPU可在运行GPU加速GROMACS(简称GMX)时榨干最新顶级消费级GPU——NVIDIA GeForce RTX 4090,但某日笔者建议一些bilibili UP主测试该GPU运行“生产力”软件的发言被不学无术/不懂装懂者群起而攻之,遂决定亲自上阵,在最初的测试计划中引入一 […]
笔者在2021和2022年双十一都发了MD工作站配置推荐,今年也例行发布一篇。 由于众所周知的原因,近期不推荐购买RTX4090,建议等过一段时间炒作潮过去了再买。若急用,也可将4090换为4080,其余配置不变。 根据8月份发布的基准测试,配置2的7900XTX跑AMBER和OpenMM性能高于4080。 目前双十一第一波还没有开始,因此大部分硬件的价格仅供参考,还有下降空间,建议自行蹲优惠(尤其是JD自营)。 此前笔者曾多次在一些跟帖/评论区中提及,TITAN V用于跑L […]
0 写在前面 9月初笔者给朋友课题组设计了一套小集群,为了省钱,存储(NAS)部分是自行采购散件DIY的,组网也使用了二手硬件。NAS和交换机从下单散件到组装、调试完毕花了10天,原计划等到集群部署完成后综合起来写一篇帖子分享出来,但期间出现了一些问题,计算节点迟迟没有到货,故先把NAS部分单独发出来。 1 简介 采购这些散件已过去一个多月,行情有很大变化,因此价格仅供参考。 如果追求极致省钱,网卡也可以选用同为CX3 Pro芯片的拆机HP544+FLR。 18TB HDD没 […]
经历7个月研究+19个月打磨,人生第一篇几乎100%自主完成的学术论文终于online了(之前高中时写着玩的那篇核心不算):https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.3c01432 打磨这么久主要是因为本科阶段与科研无关的事情太多+后期“移情别恋”了。 接下来简单讲讲和这篇研究工作相关的经历吧(⚠流水账预警⚠)。 参加GMX培训班之前,我对MD了解并不多,只会用packmol搓模型+用GMX跑一些最简单的MD。2021年初,牙 […]
0 前言 上个月收到一位网友的哔哩哔哩私信,希望笔者帮他折腾一下用AMD GPU跑LAMMPS,笔者本不太愿意接这种“吃力不讨好”的活,拖了一天多,最终良心过不去,还是接了。 该网友的PC配置是AMD Ryzen 5900X + Radeon 6800XT,他事先在闲鱼平台上花钱找人安装了Ubuntu Desktop 22.04.3 LTS操作系统。据了解,第一个“闲鱼师傅”安装不成功,把锅甩给了“主板不兼容”,又找了一个师傅,才安装成功。 此外,该网友还有一台Ryzen 7 […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0 Introduction Please be aware that the information provided in this blog post is not comprehensive and should be considered as […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0 Introduction In the past two years, numerous world-leading supercomputers have embraced AMD GPUs as heterogeneous accelerator […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 打击黄狗,人人有责 0 前言 本文的信息并不全面,仅仅是作者近期在AMD GPU上测试经典MD性能的附属产物。你或许可以使用较老版本的ROCm和特定的GPU轻松地编译并运行文中提到的应用程序,也有可能在不久后的软件更新中,文中提到的一些兼容性问题就会被解决。本文内容在相应程序的官方文档/手册/Readme/Wiki中均未提及,且几乎无法在互联网上搜索到现 […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 打击黄狗,人人有责 0 前言 近两年,全球有大量顶级超级计算机采用了AMD GPU作为异构加速器,因此大量HPC应用程序开始了移植到ROCm软件栈的进程,并且其中很大一部分已经具有很高的完成度和很好的性能,可以用于正式的科学研究。此外,也有一部分程序原生支持了intel GPU。鉴于此,笔者集齐了所有NVIDIA Ada Lovelace架构桌面GPU、 […]
——关于“跑经典MD的计算机到底选什么配置”的终极讨论 [本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 为防止太早过时,本文不会给出具体的配置单,然而本文所写的方案框架也只是基于近期硬件行情得出的,半年到一年后本文所写的方案依然可能过时,故此类内容会不定期更新,欢迎持续关注。 1 GMX GMX机子的配置方案是最复杂、最值得仔细考虑的,GMX中的GPU加速在去年10月的文章中已经有所介绍,且GMX […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 近期intel W790平台的系列产品即将或已经上市,笔者对其中2个具有代表性的型号进行了性能测试,分别是intel Xeon w7-2495X和intel Xeon w9-3495X。 本文MD测试部分只包括GROMACS 2023,其中所用模型与此系列首篇完全一致;另增加了Gaussian 16 Rev. C.02 AVX2和ORCA 5.0.4这 […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 去年10月的文章中说: “如今Ada Lovelace架构刚刚上市,并无针对性优化,预计在将来几个月,随着几款MD软件以及编译器和驱动层面对于Ada Lovelace架构的优化,RTX 4090运行MD模拟的性能还会有进一步提升。” 如今已过去5个月,是时候检验一下自己是否被打脸了。 1 测试平台 硬件: ID CPU GPU 内存-RAM 主板-Mot […]
信息量极大、细节极为丰富,尤其是最后彩蛋,把复杂度提升到可怕的程度,已很久没看到过如此精致、复杂、高门槛的电影,很过瘾。此系列故事内核(包括人类文明之发展、脑机接口、强人工智能等)非常符合我的人类主义思想,具体到本片,应当是有史以来思想层次最高的科幻电影,制作水平也在世界领先行列,一些台词和细节的内涵乃至讽刺意味都极高。难以根据第一遍的感觉准确打分,但9分以上无疑,此后打算仔细看10遍以上。最后,希望尽快出导剪版!最后的最后,假如第三部展示原著氦闪情节,那或许将是如《让子弹飞 […]
前两天发了《性能翻倍?RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试》,简单提了一下硬件采购方面的建议,但没有写具体的配置。 今天发现近期有朋友在我去年发的《2021双十一MD工作站配置推荐》底下提到希望推荐一下今年的配置,于是看了一下行情,发现大量配件缺货(似乎老黄清完3070、3080Ti、3090的库存了…?),连CPU都有缺货情况,所以一开始是决定不推荐今年的版本,不过后来想到之前公社群聊里有一些朋友也在说买不起4090、想装一套便宜点的MD机器,所以我又仔细看了一圈, […]
全文传送门:http://bbs.keinsci.com/thread-32172-1-1.html
写在前面 今日见B站UP主远古时代装机猿向广大高校师生征集各专业的计算机配置推荐,遂提交了一份我的想法,先贴在此,待相应的视频发布后我再将此文公开罢。 投稿正文 面向人群:化学专业本、硕、博在读或即将入学者。 特别备注:1. 本篇推荐不考虑电子游戏需求;2. 完全不推荐Apple Mac。 除计算化学方向以外,均建议选择无独立显卡的轻薄全能笔记本。化学专业(除计算化学方向以外)用到的大部分软件对各种平台兼容性都很好。预算充足的情况下,CPU选择6800H、12 […]
秃头咪蒙锐评的后半段太赞同了。 新时代的教育早已不是一套教科书所能决定的,把大量资源浪费在初级知识和无意义的应试中,非常不合理。教材所展示出的出版社与审查相关问题固然值得重视,但也应该找到一种更高效的教育制度。在2018年底写的论文中我就曾从高中化学教育角度讨论过——高中生对化学误解的成因分析及纠错建议,总觉经典,常看常新。 作为底层农民(后来有了个体户)家庭出生的我对秃头咪蒙所言体会颇深。高中以前几乎完全不能在课本上学到前沿科学的知识,但幸好家庭条件差,奶头乐接触得少,加上 […]
本月初,应某超算平台邀请,为其GPU节点运行GMX的性能做了一点Benchmark,在这里跟uu萌分享捏(其实是邀请的是我老师,她把这活转给我干乐) 对于GMX用户嘛,总结起来就一句话:别去用没有NVLink且CPU很弱的GPU集群(什么废话x 附上测试的原始数据: 本文同步发表于计算化学公社论坛
刚刚给组里申请到Amber 20学术License,就顺便把4月份的坑给填上罢😨 开始前先将AmberTools21.tar.bz2和Amber20.tar.bz2解压至工作站/服务器目录/opt 0 安装依赖 sudo apt update && apt -y install tcsh make gcc gfortran flex bison patch bc xorg-dev libbz2-dev wget python-is-python3 pytho […]
今晚8点双十一活动就开始了,这里推荐两套用于MD模拟的工作站配置,其中1号配置几乎是目前跑大体系MD模拟任务和量化任务最快的消费级平台。(线程撕裂者是准专业级,排除了)配置单里写的购买渠道都是非常稳妥的,开发票非常方便,完全适用于公费采购。如果是个人购买,在有售后保障的前提下可以去更便宜的渠道,CPU可以买散片。 配置单中两张显卡都需要抢,按以往规律,今晚大概率是秒无,但之后一段时间又会时不时有货几秒,有耐心的同志可以花点时间疯狂刷新,找到机会立刻下单,鄙人之前就是用这种办法 […]
这学期的《材料科学基础》课程考核要求每人讲述一个与材料科学相关的故事,今日轮到我,遂将口述原文记录于此,附PPT图片。 P1 (封面页) P2 先看个科普视频。 P3 在芯片制造领域,有一个非常经典的“摩尔定律”,它说“集成电路芯片上所集成晶体管的密度,每隔18个月就翻一倍”。首先,这个“摩尔定律”并不是一个物理定律,而是上世纪60年代intel创始人之一——戈登·摩尔根据经验提出的一个预测。 半导体芯片发展了这么多年,早期确实是按照这个所谓摩尔定律在稳步 […]
几个月前,组里来了两台DELL Precision 7920 Tower工作站,用于运行MD模拟。老师费了好大劲也没把环境配置好,遂于某天让我帮忙。1年多前(2020年1月),我曾尝试在Ubuntu 18.04 LTS上编译GROMACS、AMBER等MD程序,没有完全成功。那时对Linux几乎一窍不通,不过,经过1年多在计算机/IT领域各种方向上的折腾,感觉自己的水平已经可以对付上述工作。在拥挤的小屋子里折腾近10小时,又经过半个多月的试用,大约的确是成功了罢,遂应老师要求 […]
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