Sep-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 0 写在前面 应科技博主@极客湾Geekerwan 邀请，我给最新的AMD EPYC CPU做了一些基准测试。原本打算将相关分析做进视频里，但由于进度赶不上，视频中只放了“7950X指数”，分析部分写成了单独的图文发出来，写得比较通俗，因为考虑到会有很多吃瓜群众来看。 视频链接：256核512线程！史上最强CPU到底能做什么？ 硬件：7950X和双路EPY […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | 赞助 51972, 庚子计算 | yult-entropy@qq.com | 2022-10] 0 写在前面 这次测试最初的目的是证明用何种性能级别的CPU可在运行GPU加速GROMACS（简称GMX）时榨干最新顶级消费级GPU——NVIDIA GeForce RTX 4090，但某日笔者建议一些bilibili UP主测试该GPU运行“生产力”软件的发言被不学无术/不懂装懂者群起而攻之，遂决定亲自上阵，在最初的测试计划中引入一 […]
笔者在2021和2022年双十一都发了MD工作站配置推荐，今年也例行发布一篇。 由于众所周知的原因，近期不推荐购买RTX4090，建议等过一段时间炒作潮过去了再买。若急用，也可将4090换为4080，其余配置不变。 根据8月份发布的基准测试，配置2的7900XTX跑AMBER和OpenMM性能高于4080。 目前双十一第一波还没有开始，因此大部分硬件的价格仅供参考，还有下降空间，建议自行蹲优惠（尤其是JD自营）。 此前笔者曾多次在一些跟帖/评论区中提及，TITAN V用于跑L […]
0 写在前面 9月初笔者给朋友课题组设计了一套小集群，为了省钱，存储（NAS）部分是自行采购散件DIY的，组网也使用了二手硬件。NAS和交换机从下单散件到组装、调试完毕花了10天，原计划等到集群部署完成后综合起来写一篇帖子分享出来，但期间出现了一些问题，计算节点迟迟没有到货，故先把NAS部分单独发出来。 1 简介 采购这些散件已过去一个多月，行情有很大变化，因此价格仅供参考。 如果追求极致省钱，网卡也可以选用同为CX3 Pro芯片的拆机HP544+FLR。 18TB HDD没 […]
经历7个月研究+19个月打磨，人生第一篇几乎100%自主完成的学术论文终于online了（之前高中时写着玩的那篇核心不算）：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.3c01432 打磨这么久主要是因为本科阶段与科研无关的事情太多+后期“移情别恋”了。 接下来简单讲讲和这篇研究工作相关的经历吧（⚠流水账预警⚠）。 参加GMX培训班之前，我对MD了解并不多，只会用packmol搓模型+用GMX跑一些最简单的MD。2021年初，牙 […]
0 前言 上个月收到一位网友的哔哩哔哩私信，希望笔者帮他折腾一下用AMD GPU跑LAMMPS，笔者本不太愿意接这种“吃力不讨好”的活，拖了一天多，最终良心过不去，还是接了。 该网友的PC配置是AMD Ryzen 5900X + Radeon 6800XT，他事先在闲鱼平台上花钱找人安装了Ubuntu Desktop 22.04.3 LTS操作系统。据了解，第一个“闲鱼师傅”安装不成功，把锅甩给了“主板不兼容”，又找了一个师傅，才安装成功。 此外，该网友还有一台Ryzen 7 […]
瞎折腾硬件
Compatibility notes and troubleshooting guides for mainstream molecular dynamics simulation Apps on AMD’s consumer GPUs - Switch to AMD [Part Ⅱ]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0 Introduction Please be aware that the information provided in this blog post is not comprehensive and should be considered as […]
基准测试
Performance benchmarks for mainstream molecular dynamics simulation Apps on consumer GPUs from AMD, NVIDIA and Intel - Switch to AMD [Part Ⅰ]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0 Introduction In the past two years, numerous world-leading supercomputers have embraced AMD GPUs as heterogeneous accelerator […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 打击黄狗，人人有责 0 前言 本文的信息并不全面，仅仅是作者近期在AMD GPU上测试经典MD性能的附属产物。你或许可以使用较老版本的ROCm和特定的GPU轻松地编译并运行文中提到的应用程序，也有可能在不久后的软件更新中，文中提到的一些兼容性问题就会被解决。本文内容在相应程序的官方文档/手册/Readme/Wiki中均未提及，且几乎无法在互联网上搜索到现 […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 打击黄狗，人人有责 0 前言 近两年，全球有大量顶级超级计算机采用了AMD GPU作为异构加速器，因此大量HPC应用程序开始了移植到ROCm软件栈的进程，并且其中很大一部分已经具有很高的完成度和很好的性能，可以用于正式的科学研究。此外，也有一部分程序原生支持了intel GPU。鉴于此，笔者集齐了所有NVIDIA Ada Lovelace架构桌面GPU、 […]
——关于“跑经典MD的计算机到底选什么配置”的终极讨论 [本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 为防止太早过时，本文不会给出具体的配置单，然而本文所写的方案框架也只是基于近期硬件行情得出的，半年到一年后本文所写的方案依然可能过时，故此类内容会不定期更新，欢迎持续关注。 1 GMX GMX机子的配置方案是最复杂、最值得仔细考虑的，GMX中的GPU加速在去年10月的文章中已经有所介绍，且GMX […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 近期intel W790平台的系列产品即将或已经上市，笔者对其中2个具有代表性的型号进行了性能测试，分别是intel Xeon w7-2495X和intel Xeon w9-3495X。 本文MD测试部分只包括GROMACS 2023，其中所用模型与此系列首篇完全一致；另增加了Gaussian 16 Rev. C.02 AVX2和ORCA 5.0.4这 […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 去年10月的文章中说： “如今Ada Lovelace架构刚刚上市，并无针对性优化，预计在将来几个月，随着几款MD软件以及编译器和驱动层面对于Ada Lovelace架构的优化，RTX 4090运行MD模拟的性能还会有进一步提升。” 如今已过去5个月，是时候检验一下自己是否被打脸了。 1 测试平台 硬件： ID CPU GPU 内存-RAM 主板-Mot […]
前两天发了《性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试》，简单提了一下硬件采购方面的建议，但没有写具体的配置。 今天发现近期有朋友在我去年发的《2021双十一MD工作站配置推荐》底下提到希望推荐一下今年的配置，于是看了一下行情，发现大量配件缺货（似乎老黄清完3070、3080Ti、3090的库存了…？），连CPU都有缺货情况，所以一开始是决定不推荐今年的版本，不过后来想到之前公社群聊里有一些朋友也在说买不起4090、想装一套便宜点的MD机器，所以我又仔细看了一圈， […]
写在前面 今日见B站UP主远古时代装机猿向广大高校师生征集各专业的计算机配置推荐，遂提交了一份我的想法，先贴在此，待相应的视频发布后我再将此文公开罢。 投稿正文 面向人群：化学专业本、硕、博在读或即将入学者。 特别备注：1. 本篇推荐不考虑电子游戏需求；2. 完全不推荐Apple Mac。 除计算化学方向以外，均建议选择无独立显卡的轻薄全能笔记本。化学专业（除计算化学方向以外）用到的大部分软件对各种平台兼容性都很好。预算充足的情况下，CPU选择6800H、12 […]
秃头咪蒙锐评的后半段太赞同了。 新时代的教育早已不是一套教科书所能决定的，把大量资源浪费在初级知识和无意义的应试中，非常不合理。教材所展示出的出版社与审查相关问题固然值得重视，但也应该找到一种更高效的教育制度。在2018年底写的论文中我就曾从高中化学教育角度讨论过——高中生对化学误解的成因分析及纠错建议，总觉经典，常看常新。 作为底层农民（后来有了个体户）家庭出生的我对秃头咪蒙所言体会颇深。高中以前几乎完全不能在课本上学到前沿科学的知识，但幸好家庭条件差，奶头乐接触得少，加上 […]
本月初，应某超算平台邀请，为其GPU节点运行GMX的性能做了一点Benchmark，在这里跟uu萌分享捏（其实是邀请的是我老师，她把这活转给我干乐） 对于GMX用户嘛，总结起来就一句话：别去用没有NVLink且CPU很弱的GPU集群（什么废话x 附上测试的原始数据： 本文同步发表于计算化学公社论坛
刚刚给组里申请到Amber 20学术License，就顺便把4月份的坑给填上罢😨 开始前先将AmberTools21.tar.bz2和Amber20.tar.bz2解压至工作站/服务器目录/opt 0 安装依赖 sudo apt update && apt -y install tcsh make gcc gfortran flex bison patch bc xorg-dev libbz2-dev wget python-is-python3 pytho […]
今晚8点双十一活动就开始了，这里推荐两套用于MD模拟的工作站配置，其中1号配置几乎是目前跑大体系MD模拟任务和量化任务最快的消费级平台。（线程撕裂者是准专业级，排除了）配置单里写的购买渠道都是非常稳妥的，开发票非常方便，完全适用于公费采购。如果是个人购买，在有售后保障的前提下可以去更便宜的渠道，CPU可以买散片。 配置单中两张显卡都需要抢，按以往规律，今晚大概率是秒无，但之后一段时间又会时不时有货几秒，有耐心的同志可以花点时间疯狂刷新，找到机会立刻下单，鄙人之前就是用这种办法 […]
这学期的《材料科学基础》课程考核要求每人讲述一个与材料科学相关的故事，今日轮到我，遂将口述原文记录于此，附PPT图片。 P1 （封面页） P2 先看个科普视频。 P3 在芯片制造领域，有一个非常经典的“摩尔定律”，它说“集成电路芯片上所集成晶体管的密度，每隔18个月就翻一倍”。首先，这个“摩尔定律”并不是一个物理定律，而是上世纪60年代intel创始人之一——戈登·摩尔根据经验提出的一个预测。 半导体芯片发展了这么多年，早期确实是按照这个所谓摩尔定律在稳步 […]
几个月前，组里来了两台DELL Precision 7920 Tower工作站，用于运行MD模拟。老师费了好大劲也没把环境配置好，遂于某天让我帮忙。1年多前（2020年1月），我曾尝试在Ubuntu 18.04 LTS上编译GROMACS、AMBER等MD程序，没有完全成功。那时对Linux几乎一窍不通，不过，经过1年多在计算机/IT领域各种方向上的折腾，感觉自己的水平已经可以对付上述工作。在拥挤的小屋子里折腾近10小时，又经过半个多月的试用，大约的确是成功了罢，遂应老师要求 […]
