经历7个月研究+19个月打磨，人生第一篇几乎100%自主完成的学术论文终于online了（之前高中时写着玩的那篇核心不算）：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.langmuir.3c01432 打磨这么久主要是因为本科阶段与科研无关的事情太多+后期“移情别恋”了。 接下来简单讲讲和这篇研究工作相关的经历吧（⚠流水账预警⚠）。 参加GMX培训班之前，我对MD了解并不多，只会用packmol搓模型+用GMX跑一些最简单的MD。2021年初，牙 […]
瞎折腾硬件
Compatibility notes and troubleshooting guides for mainstream molecular dynamics simulation Apps on AMD’s consumer GPUs - Switch to AMD [Part Ⅱ]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0 Introduction Please be aware that the information provided in this blog post is not comprehensive and should be considered as […]
基准测试
Performance benchmarks for mainstream molecular dynamics simulation Apps on consumer GPUs from AMD, NVIDIA and Intel - Switch to AMD [Part Ⅰ]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 点此阅读中文版 It's everyone's duty to squash the green behemoth. 0 Introduction In the past two years, numerous world-leading supercomputers have embraced AMD GPUs as heterogeneous acc […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 打击黄狗，人人有责 0 前言 本文的信息并不全面，仅仅是作者近期在AMD GPU上测试经典MD性能的附属产物。你或许可以使用较老版本的ROCm和特定的GPU轻松地编译并运行文中提到的应用程序，也有可能在不久后的软件更新中，文中提到的一些兼容性问题就会被解决。本文内容在相应程序的官方文档/手册/Readme/Wiki中均未提及，且几乎无法在互联网上搜索到现 […]
Aug-2023 by ア熵增焓减ウ | yult-entropy@qq.com | entropylt@163.com 打击黄狗，人人有责 0 前言 近两年，全球有大量顶级超级计算机采用了AMD GPU作为异构加速器，因此大量HPC应用程序开始了移植到ROCm软件栈的进程，并且其中很大一部分已经具有很高的完成度和很好的性能，可以用于正式的科学研究。此外，也有一部分程序原生支持了intel GPU。鉴于此，笔者集齐了所有NVIDIA Ada Lovelace架构桌面GPU、 […]
——关于“跑经典MD的计算机到底选什么配置”的终极讨论 [本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 为防止太早过时，本文不会给出具体的配置单，然而本文所写的方案框架也只是基于近期硬件行情得出的，半年到一年后本文所写的方案依然可能过时，故此类内容会不定期更新，欢迎持续关注。 1 GMX GMX机子的配置方案是最复杂、最值得仔细考虑的，GMX中的GPU加速在去年10月的文章中已经有所介绍，且GMX […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 近期intel W790平台的系列产品即将或已经上市，笔者对其中2个具有代表性的型号进行了性能测试，分别是intel Xeon w7-2495X和intel Xeon w9-3495X。 本文MD测试部分只包括GROMACS 2023，其中所用模型与此系列首篇完全一致；另增加了Gaussian 16 Rev. C.02 AVX2和ORCA 5.0.4这 […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | yult-entropy@qq.com | 2023-03] 0 写在前面 去年10月的文章中说： “如今Ada Lovelace架构刚刚上市，并无针对性优化，预计在将来几个月，随着几款MD软件以及编译器和驱动层面对于Ada Lovelace架构的优化，RTX 4090运行MD模拟的性能还会有进一步提升。” 如今已过去5个月，是时候检验一下自己是否被打脸了。 1 测试平台 硬件： ID CPU GPU 内存-RAM 主板-Mot […]
[本文首发于计算化学公社 | 文 熵增焓减 | 赞助 51972, 庚子计算 | yult-entropy@qq.com | 2022-10] 0 写在前面 这次测试最初的目的是证明用何种性能级别的CPU可在运行GPU加速GROMACS（简称GMX）时榨干最新顶级消费级GPU——NVIDIA GeForce RTX 4090，但某日笔者建议一些bilibili UP主测试该GPU运行“生产力”软件的发言被不学无术/不懂装懂者群起而攻之，遂决定亲自上阵，在最初的测试计划中引入一 […]
